Перед и (после цитаты) лучше поставить тире (подробнее см. в § 122 «Справочника по правописанию и стилистике» Д.Э.Розенталя).
Нет, не являются.
У слова Помпеи нет грамматического рода: это существительное в современном русском языке воспринимается как имеющее только формы множественного числа.
Грамматическая омонимия, которая возникает при образовании формы родительного падежа слова Помпеи и формы родительного падежа множественного числа слова Помпей, – это достаточно частотное явление в русском языке.
Падеж нужен родительный (ср. студия звукозаписи). Что касается возможности писать о взгляде, в речи вообще часто случается, что слова используются не в своем прямом значении (ср. копать землю и копать яму: выкопанная яма – это результат воздействия на землю, а измененный взгляд, очевидно, является результатом воздействия на брови и глаза). В результате, правда, глагол моделировать будет не отсылать к конкретной процедуре, а выражать общую идею воздействия и изменения в результате воздействия.
Можно назвать этот прием по-разному: например, каламбурной (в широком смысле) аллюзией или заменой словарного компонента устойчивого сочетания (крылатого выражения).
Если в виду имеется деепричастие принимая, то рода и числа у него нет; если речь идет о существительном (или прилагательном) приемная, то род женский, число единственное.
В словах кофе и метро корнем является все слово: эти существительные не изменяются по падежам, а окончания есть только у изменяемых единиц.
Да, если аббревиатура РЖД использована не как приложение (ср.: ОАО «РЖД» открыло 583 контейнерных пункта), сказуемое выступает в форме множественного числа: Также РЖД увеличили объёмы перевозки нефти и нефтепродуктов.
Про Ваши предыдущие (неопубликованные) вопросы: «Скорая филологическая помощь» не выполняет домашние задания.
Здесь рассматриваются различные точки зрения на роль биологических и социальных факторов в процессе половой дифференциации (ошибка в выборе формы зависимого слова при управлении: предложный падеж вместо винительного).
Если речь идет о чтении символа X, то при произнесении текста, созданного при помощи средств официального делового стиля, следует читать [икс] (а не [икса]).
Следует также сказать, что предложение в целом построено неудачно. Его следует переформулировать, например: Штрафные санкции применяются при отсутствии у Х узла учета – в связи с нарушением п. 5 договора.